Os ataques de protocolo exploram um recurso específico ou um bug de implementação de algum protocolo instalado na vítima para consumir quantidades excessivas de seus recursos. Este tipo de ataque consome recursos reais do servidor, ou aqueles de equipamentos de comunicação intermediários, como firewalls e balanceadores de carga, e é medido em pacotes por segundo (pps). Os ataques de protocolo comuns incluem ataque smurf, ataque SYN, ataque UDP, ataque ICMP, ataque de solicitação CGI, ataque ao servidor de autenticação, ataque usando sistemas DNS e ataque usando endereço falso no ping.